Τη σχολική χρονιά 1998 - 1999 το σχολείο γνωρίζει μία πολύ μεγάλη επιτυχία. Οι μαθητές του αποκτούν τη δυνατότητα, μόνοι αυτοί από τα ελληνικά σχολεία, να δίνουν εξετάσεις για το δίπλωμα γλώσσας της Συνόδου των Υπουργών Παιδείας της Ομοσπονδιακής Δημοκρατίας της Γερμανίας (Sprachdiplom der Kultusministerkonferenz). Το δίπλωμα αυτό εξασφαλίζει την εισαγωγή τους σε γερμανόφωνα ανώτερα και ανώτατα εκπαιδευτικά ιδρύματα. Έτσι, οι μαθητές αποκτούν ένα μεγάλο πλεονέκτημα, καθώς αυξάνονται οι επιλογές τους για τη συνέχιση των σπουδών τους. Η επιτυχία αυτή αποτελεί δικαίωση για τον προσανατολισμό του σχολείου και τη μεθοδική και αποτελεσματική διδασκαλία της γερμανικής γλώσσας.
Προτεραιότητα δίνεται στις εξετάσεις εισαγωγής των μαθητών στα Πανεπιστήμια της Ελλάδας, εξετάσεις στις οποίες σταθερά σημειώνονται εξαιρετικά αποτελέσματα που δικαιώνουν την κοινή προσπάθεια μαθητών και καθηγητών και επιβραβεύουν τους κόπους της μεθοδικής προετοιμασίας. Ωστόσο, προκειμένου οι μαθητές να έχουν περισσότερες δυνατότητες επιλογής για τις πτυχιακές αλλά και μεταπτυχιακές σπουδές τους, λειτουργεί από το 1998 γραφείο ενημέρωσης για σπουδές στο εξωτερικό, τόσο σε γερμανόφωνα όσο και σε αγγλόφωνα Πανεπιστήμια.
Το 2000 και το 2004 η Ελληνογερμανική Αγωγή λαμβάνει μέρος στους διαγωνισμούς συγγραφής νέων διδακτικών βιβλίων. Και τις δύο φορές οι προτάσεις που καταθέτουν οι συγγραφικές ομάδες προκρίνονται στους διαγωνισμούς του Παιδαγωγικού Ινστιτούτου. Τα βιβλία των Φυσικών Επιστημών που εκδίδονται από το Υπουργείο Παιδείας και διδάσκονται σε όλα τα σχολεία της χώρας με τίτλο «Ερευνώ και Ανακαλύπτω» και αργότερα «Φυσικά», για την Ε΄ και Στ΄ Δημοτικού, είναι το αποτέλεσμα της προσπάθειας της συγγραφικής ομάδας της Ελληνογερμανικής Αγωγής. Παράλληλα, το 2004 προκρίνεται η πρόταση των καθηγητών της Ελληνογερμανικής Αγωγής για τη συγγραφή των βιβλίων γερμανικής γλώσσας της Α΄, Β΄ και Γ΄ Γυμνασίου, τα οποία διδάσκονται σε όλα τα σχολεία της χώρας, δημόσια και ιδιωτικά.
Το καλοκαίρι του 2001, λίγο μετά τη συμπλήρωση 40 χρόνων λειτουργίας του σχολείου, φεύγει από τη ζωή η ιδρύτριά του, Σάντη Σάββα η οποία μαζί με τον αδελφό της Δημήτριο Παναγέα έβαλαν τα θεμέλια του σχολείου και καθόρισαν τους στόχους για ένα σχολείο ζεστό και ανθρώπινο, ποιοτικό και πολύπλευρο, ένα σχολείο ανοιχτό στις προκλήσεις και την καινοτομία.
Από τη σχολική χρονιά 2004-2005 λειτουργεί το Ωδείο της Ελληνογερμανικής Αγωγής αναγνωρισμένο επίσημα από το Υπουργείο Πολιτισμού, στελεχωμένο με έμπειρους δασκάλους - μουσικούς, που θέτει ως στόχο όχι μόνο την παροχή σύγχρονης μουσικής παιδείας αλλά και τη δυνατότητα της μουσικής πράξης από τα πρώτα κιόλας βήματα των παιδιών.
Ορόσημο για την πορεία του σχολείου αποτελεί και η σχολική χρονιά 2006 - 2007. Τη χρονιά αυτή λειτουργούν για πρώτη φορά όλες οι βαθμίδες της εκπαίδευσης σε νέες ενιαίες εγκαταστάσεις σε έκταση 40.000 τ.μ., στην Παλλήνη. Νηπιαγωγείο, Δημοτικό, Γυμνάσιο και Λύκειο μεταφέρονται σε καινούργια κτίρια, τα οποία υποδέχονται μικρούς και μεγάλους μαθητές τον Σεπτέμβριο του 2006. Τα κτίρια έχουν σχεδιαστεί, έτσι ώστε να εξασφαλίζεται η ανεξάρτητη λειτουργία όλων των βαθμίδων. Η κτιριακή υποδομή υπηρετεί το όραμα ενός σχολείου σύγχρονου με υψηλές προδιαγραφές και προσφέρει όλες τις δυνατότητες για την αναβάθμιση της ποιότητας του εκπαιδευτικού έργου. Οι νέες εγκαταστάσεις, εκτός από τις απαραίτητες αίθουσες διδασκαλίας, περιλαμβάνουν βοηθητικές αίθουσες, εργαστήρια Πληροφορικής, αίθουσες Μουσικής, εργαστήρια Καλλιτεχνικών, ειδικά εξοπλισμένα εργαστήρια Φυσικών Επιστημών και Τεχνολογίας, αμφιθέατρα, αίθουσες προβολών, βιβλιοθήκες, αίθουσα εκδηλώσεων, αστεροσκοπείο, αίθουσα ρυθμικής, κλειστό γυμναστήριο, κολυμβητήριο, γήπεδα μπάσκετ, βόλεϊ, τένις, γήπεδο ποδοσφαίρου, στίβο, εστιατόριο.
Σε ανεξάρτητη έκταση 6.000 τ.μ., σε μικρή απόσταση από το κεντρικό κτίριο, ένας σύγχρονος παιδότοπος υποδέχεται προνήπια και νήπια. Το Νηπιαγωγείο προσφέρει ένα σχολικό περιβάλλον ζεστό και φιλικό για τα μικρά παιδιά που έρχονται για πρώτη φορά σε επαφή με την ιδέα του σχολείου. Εκτός από τις αίθουσες διδασκαλίας, διαθέτει αίθουσα χορού, εστιατόριο, αίθουσα κουκλοθέατρου και δραματοποίησης, αίθουσα ρυθμικής γυμναστικής και ψυχοκινητικής, ανοιχτό παιδότοπο με παιδική χαρά, υπαίθριο θέατρο και βιότοπο, μικρό εκκλησάκι, κολυμβητήριο ειδικά διαμορφωμένο για μικρά παιδιά.